Vejlø Gamle Kirkegård ligger umiddelbart omkring kirken med spredte gravsten fra nu nedlagte grave, da kirkegården ikke længere anvendes til begravelser.

Vejlø Nye Kirkegård (Assistens Kirkegård) ligger 300 meter NV for kirken. Indkørsel til kirkegården via den grusbelagte lindeallé, hvorefter der kan parkeres umiddelbart ved indgangen til selve kirkegården.

Kirkegården består af gravpladser, urnegravpladser, kistegravpladser i fællesgrav samt urnegravpladser i fællesgrav. Herudover er der gravsted for ejere og familie til Gavnø Gods.

Vejlø kirkegård blev anlagt i 1886 og den først begravede var Gavnø's slotsgartner Brummerstedt, som umiddelbart forinden sin død selv tegnede og anlagde kirkegården. Brummerstedt's gravsten er opstillet centralt ved indgangen til kirkegården i en nyanlagt mindelund for gravsten fra nedlagte gravsteder; Brummerstedt.